Seit dem Bestehen der Meeresschule im Jahre 2000 gibt es intensive Kooperationen mit diversen Universitäten. Das liegt einerseits daran, dass sowohl die Gründer als auch die BetreuerInnen und KursleiterInnen aus universitären Umfeldern stammen und zum Teil noch immer auf verschiedenen Instituten aktiv sind und andererseits daran, dass die Meeresschule mit ihren Möglichkeiten einer vollwertigen meeresbiologischen Station eine ideale Einrichtung zur Betreibung von Wissenschaft und akademischer Lehre bietet.